Z przepisów ustawy z dnia 15 września 2000 r. Kodeks spółek handlowych wynika natomiast, że jeśli chodzi o spółki kapitałowe, to organem kompetentnym do zatwierdzenia sprawozdania w tych spółkach jest walne zgromadzenie w przypadku spółki akcyjnej lub zgromadzenie wspólników w przypadku spółki z ograniczoną odpowiedzialnością. Istotne jest zatem, że art. 69 ust. 1 uor nakłada na kierownika jednostki (w przypadku spółek kapitałowych na zarząd) obowiązek złożenia rocznego sprawozdania finansowego we właściwym rejestrze sądowym w ciągu 15 dni od dnia jego zatwierdzenia. Co więcej, nawet jeśli sprawozdanie finansowe nie zostanie zatwierdzone w terminie, to zgodnie z art. 69 ust. 2 uor należy je złożyć w rejestrze sądowym w ciągu 15 dni po terminie, w którym powinno zostać zatwierdzone. Warto przy tym pamiętać, że z powyższego przepisu wynika także, iż jeśli sprawozdanie zostanie jednak później zatwierdzone (już po terminie), to i tak należy ponownie złożyć je w rejestrze sądowym, w terminie 15 dni po zatwierdzeniu.
Powyższe obowiązki bywają niekiedy bagatelizowane, zwłaszcza np. w spółkach celowych. Tego rodzaju spółki nie prowadzą często typowej działalności operacyjnej i nie zatrudniają np. stałych służb księgowych, które w praktyce zazwyczaj czuwają nad dopełnianiem powyższych obowiązków. Również członkowie zarządów takich spółek często nie czuwają w sposób stały nad ich działalnością (inaczej niż to ma miejsce w spółkach prowadzących rozwiniętą działalność operacyjną). W przypadku takich spółek zdarza się zatem niekiedy przeoczenie i wynikające stąd zaniedbanie złożenia w terminie sprawozdania finansowego do sądu rejestrowego.
W publikacjach na temat obowiązku składania rocznych sprawozdań finansowych do sądu rejestrowego twierdzi się niekiedy, że w praktyce, za niedopełnienie powyższego obowiązku, grozi tylko sankcja w postaci grzywny nakładanej zgodnie z przepisami o Krajowym Rejestrze Sądowym. Powyższe przepisy są zaś skonstruowane w taki sposób, że jeśli niezłożenie rocznego sprawozdania finansowego do sądu jest rzeczywiście spowodowane tylko przeoczeniem i brak taki może być szybko nadrobiony, sankcje wynikające z powyższych przepisów nie mogą być dotkliwe. Zgodnie bowiem z art. 24 ust. 1 ustawy z dnia 20 sierpnia 1997 r. o Krajowym Rejestrze Sądowym w razie stwierdzenia, że dokumenty, których złożenie jest obowiązkowe, nie zostały złożone pomimo upływu terminu, sąd rejestrowy wzywa obowiązanych do ich złożenia, wyznaczając dodatkowy 7-dniowy termin, pod rygorem zastosowania grzywny przewidzianej w przepisach Kodeksu postępowania cywilnego o egzekucji świadczeń niepieniężnych. Dopiero w razie niewykonania obowiązków w tym terminie, sąd rejestrowy nakłada grzywnę na obowiązanych (grzywna może być nałożona również na samą spółkę). Nawet zatem jeśli otrzymamy wezwanie z sądu rejestrowego do złożenia sprawozdania finansowego, nie stanowi to jeszcze nałożenia sankcji grzywny, która może zostać nałożona dopiero w razie niewypełnienia powyższego obowiązku w dodatkowym terminie. Czy jednak zaniedbując złożenia sprawozdania finansowego w sądzie rejestrowym rzeczywiście nie mamy się czego obawiać? Należy przecież pamiętać, że zgodnie z art. 79 pkt 4) uor, kto wbrew przepisom ustawy nie składa sprawozdania finansowego we właściwym rejestrze sądowym, podlega grzywnie albo karze ograniczenia wolności. Jest to zatem przestępstwo, za które odpowiada się na zasadach określonych w ustawie z dnia 6 czerwca 1997 r. Kodeks karny. Grzywna, o której mowa w powyższym przepisie jest zatem wymierzana w stawkach dziennych (co do zasady od 10 do 540 stawek dziennych, stawka dzienna nie może być wyższa niż 2000 zł – art. 33 §1 kk i art. 33 §kk). Kara ograniczenia wolności może natomiast być orzeczona na okres od miesiąca do 12 miesięcy i może polegać na wykonywaniu nieodpłatnej, kontrolowanej pracy na cele społeczne (art. 34 §1 i §2 kk). W praktyce, organy ścigania mogą nie wykazywać szczególnego zainteresowania ściganiem powyższego przestępstwa, zwłaszcza w przypadkach, jeśli rzeczywiście mamy do czynienia ze zwykłym przeoczeniem i wynikającym stąd niedopełnieniem obowiązku złożenia sprawozdania. Istotne jest bowiem, że powyższe przestępstwo może być popełnione tylko umyślnie. W przypadku zwykłego przeoczenia trudno zaś mówić o działaniu umyślnym.
Powyższy przepis może jednak stanowić realną podstawę odpowiedzialności karnej w sytuacjach, gdy niezłożenie sprawozdania finansowego do sądu jest celowe i zamierzone, np. gdy zarząd spółki zagrożonej niewypłacalnością rozmyślnie nie składa sprawozdania, aby ukryć rzeczywistą sytuację finansową spółki. W takich przypadkach, w praktyce mogą znaleźć się także osoby zainteresowane zawiadomieniem organów ścigania i żądaniem od nich prowadzenia stosownego postępowania, zmierzającego do zastosowania odpowiedzialności karnej na podstawie art. 79 pkt 4) uor (mogą być to np. wierzyciele zagrożonego niewypłacalnością podmiotu).
Podsumowując, sankcje, jakie grożą za niezłożenie sprawozdania finansowego do sądu rejestrowego nie należy bagatelizować. Złożenie sprawozdania finansowego do sądu rejestrowego nie jest przy tym bardzo skomplikowaną ani kosztowną procedurą, lepiej zatem dopełnić tego obowiązku w terminie, niż narażać się na negatywne konsekwencje, które mogą wiązać się z jego zaniedbaniem.