Obydwie ustawy dotyczące Krajowej Administracji Skarbowej były procedowane w parlamencie jednocześnie z ustawą o VAT i ustawą o ruchu drogowym i nie było możliwości uzgodnienia ich treści. Dotyczy to w szczególności znowelizowanej ustawy o VAT, uchwalonej 1 grudnia 2016 r., w której zawarto dodatkowe rozwiązania mające na celu poprawę ściągalności podatku od towarów i usług (tzw. pakiet rozwiązań uszczelniających). Podobna sytuacja dotyczyła ustawy Prawo o ruchu drogowym. Dodatkowo, zharmonizowano niektóre przepisy ustawy o służbie cywilnej z regulacjami ustawy o KAS.
Ponadto dodano regulacje mające usprawnić realizację zadań związanych z tworzeniem Krajowej Administracji Skarbowej, w szczególności w zakresie wnioskowania o powołanie dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej i jego zastępcy, dyrektora izby administracji skarbowej o jego zastępcy oraz przygotowania aktów powołania naczelników urzędów celno-skarbowych i ich zastępców oraz dyrektora Krajowej Szkoły Skarbowości oraz jego zastępcy.
Nowelizacja usuwa także wątpliwości w stosowaniu niektórych przepisów. Chodzi np. o powołanie osób kierujących organami KAS jeszcze przed 1 marca 2017 r. oraz doprecyzowanie przepisów przejściowych dotyczących wszczętych i niezakończonych postępowań przez organy kontroli skarbowej.
Ustawa z 24 lutego 2017 r. o zmianie ustawy – Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej i ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. poz. 379) weszła w życie 27 lutego 2017 r.
