Przedstawiciele IJ uważają, że projekt może okazać się kolejnym eksperymentem na dzieciach realizowanym w pośpiechu, bez właściwego przygotowania kadry i narzędzi dydaktycznych. W kontekście planu wprowadzenia darmowych e-podręczników od roku 2014.
Wątpliwości IJ budzą zakładane w projekcie oszczędności, wynikające z wprowadzania bezpłatnych e-podręczników. Korzystanie z nich wymaga odpowiedniego wyposażenia sprzętowego, którego koszt najprawdopodobniej będą musieli pokryć rodzice. Projekt „Cyfrowa szkoła” zapewni odpowiedni sprzęt komputerowy tylko dla 400 szkół tj. 2% szkół w Polsce. Instytut zwraca także uwagę, że wprowadzanie nowych rozwiązań poprzedzone powinno zostać debatą wszystkich zaiteresowanych oraz odbywać się wolniej, ale w sposób bardziej przemyślany.